Pemanfaatan tenaga nuklir di Indonesia telah meluas ke berbagai sektor seperti kesehatan, industri, dan penelitian. Namun, pengelolaan limbah radioaktif yang dihasilkan masih menghadapi berbagai tantangan serius. Temuan BPK RI menunjukkan kelemahan dalam perencanaan, pelaksanaan, pengangkutan, pembinaan, sistem informasi, dan pengawasan. BATAN belum memiliki masterplan pengelolaan limbah radioaktif yang komprehensif, termasuk analisis kebutuhan sarana, teknologi, dan SDM. Selain itu, pelaksanaan pengelolaan limbah di internal BATAN belum sesuai ketentuan, dengan data limbah yang tidak akurat, keberadaan limbah tak dikenal (legacy waste), dan keterbatasan fasilitas pengolahan.
Di sisi pengawasan, BAPETEN belum optimal dalam inspeksi dan penegakan sanksi, serta belum memanfaatkan teknologi informasi secara maksimal. Sistem informasi ELIRA juga belum terintegrasi penuh dan memiliki celah keamanan. Pembinaan oleh BATAN belum menjangkau seluruh pemilik sumber radioaktif, dan belum ada indikator keberhasilan pembinaan yang terukur. Dokumen ini merekomendasikan penguatan koordinasi BATAN–BAPETEN, penyusunan SOP dan regulasi terkini, peningkatan kapasitas pengawasan, serta pengembangan sistem informasi dan pembinaan budaya keselamatan secara menyeluruh untuk menjamin pengelolaan limbah radioaktif yang aman dan akuntabel.