Lahirnya Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional menempatkan madrasah setara dengan pendidikan formal lainnya, membuka peluang bagi madrasah untuk mencetak lulusan yang kompetitif secara akademik dan spiritual. Namun, penyelenggaraan madrasah masih menghadapi berbagai tantangan, termasuk minimnya alokasi anggaran, rendahnya mutu tenaga pendidik, keterbatasan sarana prasarana, dan dominasi kelembagaan swasta yang belum sepenuhnya terkelola secara optimal.
Pandemi COVID-19 turut memperburuk kondisi dengan menambah tantangan baru seperti keterbatasan akses pembelajaran daring, rendahnya penguasaan teknologi oleh guru, dan menurunnya kontrol terhadap pendidikan karakter siswa. Dokumen ini merekomendasikan perbaikan menyeluruh pada aspek anggaran, tenaga pendidik, sarana prasarana, dan kelembagaan madrasah, serta penguatan kapasitas digital untuk mendukung keberlanjutan pendidikan Islam di Indonesia.