Program Beasiswa 5000 Doktor diresmikan pertama kali oleh Presiden Joko Widodo pada Tahun 2014 yang kemudian menjadi salah satu program unggulan dari Ditjen Pendis Kementerian Agama sebagai upaya dalam meningkatkan kualitas tenaga pendidik pada lingkungan Pendidikan Tinggi Keagaaman Islam (PTKI) dengan memberikan kesempatan beasiswa untuk melanjutkan studi baik pada perguruan dalam negeri maupun luar negeri. Sebagaimana yang tertuang dalam Renstra Kemenag dan Ditjen Pendis Tahun 2015-2019 dan Tahun 2020-2024, fokus dari Program Beasiswa 5000 Doktor adalah meningkatkan kualifikasi pendidikan dosen PTKI di mana berdasarkan data pada EMIS per 8 Agustus 2022 masih menunjukkan dari 39.746 dosen pada PTKI Negeri dan PTKI Swasta, hanya sebesar 5.674 dosen (14,27%) berpendidikan S3.